Né Ernest-Amédée-Marie-Joseph Duchesne le 30 mai 1874 à Paris, dans le 2e arrondissement, ce futur médecin militaire grandit dans une France en pleine mutation scientifique. Issu d'une famille bourgeoise, il se dirige très tôt vers les carrières médicales de l'armée, intégrant la prestigieuse École du service de santé militaire de Lyon. C'est dans ce cadre rigoureux qu'il va mener des recherches qui auraient pu changer le cours de l'histoire de la médecine moderne avec plusieurs décennies d'avance.

En 1897, pour sa thèse de doctorat, le jeune chercheur se penche sur la compétition biologique entre les micro-organismes. Il observe avec fascination que certaines moisissures, et plus particulièrement Penicillium glaucum, sont capables d'inhiber la croissance de cultures bactériennes très agressives. Il pousse ses expériences sur des animaux de laboratoire, démontrant qu'une injection de cette moisissure permet de vacciner et de guérir des cobayes préalablement inoculés avec des doses mortelles de typhoïde.

Sa thèse, intitulée Contribution à l'étude du déterminisme de la concurrence biologique entre les moisissures et les microbes, pose noir sur blanc les bases de la thérapie antibiotique moderne. Malheureusement, Ernest Duchesne n'est alors qu'un simple étudiant de vingt-trois ans et son travail révolutionnaire est accueilli dans l'indifférence générale par l'Académie de médecine de Paris, qui omet de valider la portée clinique de sa découverte.

Immédiatement après l'obtention de son diplôme, ses obligations militaires le rattrapent et l'éloignent définitivement des laboratoires de recherche. Nommé médecin aide-major, il est envoyé sur le terrain et enchaîne les affectations dans différents régiments de cavalerie. Cet éloignement forcé des structures universitaires l'empêche de poursuivre ses travaux sur les moisissures, laissant sa découverte sombrer dans l'oubli des archives militaires.

Sa vie bascule tragiquement au début des années 1900 lorsqu'il contracte une grave maladie pulmonaire, favorisée par les conditions d'exercice difficiles de son métier de médecin militaire. Sa santé se détériore rapidement, le contraignant à de longs séjours dans des stations de cure et à une mise en non-activité précoce qui brise net une carrière prometteuse au sein de l'institution.

Le destin d'Ernest Duchesne s'achève prématurément le 12 avril 1912 au sanatorium d'Amélie-les-Bains, dans les Pyrénées-Orientales, alors qu'il n'est âgé que de 37 ans. Il meurt dans l'anonymat scientifique le plus total, sans se douter que trente ans plus tard, le Britannique Alexander Fleming sera célébré dans le monde entier pour avoir redécouvert les propriétés de la pénicilline.

Il faut attendre l'après-seconde Guerre mondiale et la consécration des antibiotiques pour que l'histoire rende justice à ce pionnier français. En 1949, l'Académie nationale de médecine reconnaît officiellement l'antériorité de ses travaux, sortant de l'ombre ce médecin qui avait compris le secret de la pénicilline bien avant tout le monde.

Ernest Duchesne repose aujourd'hui au cimetière de Loyasse, à Lyon, dans le département du Rhône. Sa sépulture, située dans le carré des professeurs et des personnalités, rappelle aux visiteurs le souvenir de ce chercheur visionnaire au destin brisé, dont l'intuition fulgurante et méconnue aurait pu épargner des millions de vies s'il avait été écouté en son temps.